In het bisschopshuis wordt het archief bewaard dat gevormd werd sinds de heroprichting van het bisdom Gent in 1801.

Het bevat o.m. de ambtelijke briefwisseling en de persoonlijke papieren van de bisschoppen, dossiers over parochies, kloosters, scholen, de acta episcopatus, een grote collectie foto's.

Het oude archief, lopend van de oprichting van het Bisdom Gent in 1559 tot de Franse overheersing bevindt zich in het Rijksarchief Gent.